第一种：收到一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，就是按发票上的税额抵扣；第二种：从小规模纳税人购进农产品，取得3%征收率的增值税专用发票，发票上的标明的税额虽然是3%，从2019年4月1日，按票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。
是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%。购进农产品，除了取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书之外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价及9%额扣除率计算的进项税额。
投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%。 购进农产品进项税的扣除规定是： 一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣； 海关进口增值税专用缴款书。
针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
1、在农产品交易的世界里，税率的细微差异可能会对成本产生重大影响。让我们一起深入了解一下根据不同销售角色，农产品增值税的税率划分：生产者特权： 农业生产者出售自产的农产品，犹如大自然的馈赠，享受一项特别的待遇——免税，这是对辛勤耕耘的直接鼓励。
2、根据《关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条规定：纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
3、则可以按照农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书注明的增值税额进行抵扣。例：2016年5月，某餐饮业增值税一般纳税人购入肉鸡加工成香辣鸡丁进行销售，取得增值税专用发票。
法律分析：一般纳税人从农业生产者手中购进免税农产品可以抵扣进项税，取得农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额；纳税人购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
法律分析：只有从农业生产者自产自销环节取得的农产品免税发票才可以计算抵扣进项税额，从批发、零售等环节取得的免税发票则不得抵扣进项税额。法律依据：《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》 对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。
法律分析：我国增值税对购进农产品的扣除税率为11%，一般纳税人购进免税农产品，可以按照11%扣除率计算抵扣进项税额，但是如果一般纳税人购进免税农产品，加工后的产品适用税率是17%的，按照13%计算抵扣进项税额。